Działania proekologiczne dodatkowo zwiększają atrakcyjność transportu kolejowego, wpływając równocześnie na zmniejszenie oddziaływania całego sektora transportu na środowisko.
Modernizacja uwzględnia potrzeby środowiska. Specjalnie dla swobodnego przechodzenia przez tory dużych zwierząt powstają ekodukty. Pomyślano też o swobodnym przechodzeniu pod torami małych ssaków. Zadbano także o inne szczegóły: budowę ekranów akustycznych, chroniących przed hałasem pochodzącym z torowiska. Ich lokalizacja została ustalona na podstawie specjalnych badań i zaakceptowana, podobnie jak inne działania proekologiczne, przez Regionalne Dyrekcje Ochrony Środowiska. W kompleks zabezpieczeń wpisują się również maty antywibracyjne montowane na przebudowywanych mostach i wiaduktach oraz bezstykowe szyny w nowych torach.
Krakowskie Zakłady Automatyki S.A. mają znaczący udział w przystosowywaniu infrastruktury kolejowej w ramach działań proekologicznych i przyjaznych dla środowiska.